În urna A: echipele din Liga I clasate pe locurile 1–6 în campionatul ediţiei precedente, respectiv:
1. CFR CLUJ
2. STEAUA SA BUCUREŞTI
3. RAPID SA BUCUREŞTI
4. DINAMO BUCUREŞTI
5. UNIREA URZICENI
6. FC TIMIŞOARA
În urna B: celelalte 12 echipe din Liga I, participante în campionatul ediţiei în curs, respectiv:
1. FC VASLUI
2. OŢELUL GALATI
3. "U" CRAIOVA
4. GLORIA BISTRIŢA
5. POLI IAŞI
6. PANDURII TG. JIU
7. FARUL CONSTANŢA
8. GLORIA BUZĂU
9. FC BRAŞOV
10. CS OTOPENI
11. FC ARGEŞ PITEŞTI
12. GAZ METAN MEDIAŞ
În urna C: cele 14 echipe din categorii inferioare, calificate în urma fazelor precedente:
1. CETATE SUCEAVA
2. FCM BACĂU
3. DUNĂREA GALAŢI
4. CSM PLOIEŞTI
5. PETROLUL PLOIEŞTI
6. SPORTUL STUDENŢESC
7. FC INTERNAŢIONAL CURTEA DE ARGEŞ
8. FCM RM. VÂLCEA
9. CS MINERUL LUPENI
10. CFR TIMIŞOARA
11. FCM TG. MUREŞ
12. "U" CLUJ
13. CS TRICOLORUL BREAZA
14. CFR II CLUJ
Se împerechează echipe din urna A cu echipe din urna C (6 jocuri) şi, în continuare, echipe din urna B cu echipe din urna C (8 jocuri), echipele de categorie inferioară fiind organizatoarele jocurilor. Cele 4 echipe rămase în urna B se împerechează între ele, echipele organizatoare fiind stabilite prin tragere la sorţi.
* Jocurile din şaisprezecimile de finală vor avea loc pe 15 şi 16 octombrie 2008, cu începere de la ora 14:30, cu excepţia jocurilor televizate. Pentru jocurile televizate în direct, dacă cluburile organizatoare nu dispun de stadioane dotate cu instalaţie de nocturnă, FRF stabileşte stadioanele pe care vor avea loc meciurile, data şi ora de desfăşurare fiind stabilite, de asemenea, de FRF pe baza propunerilor făcute de postul TV Antena 1.
* În caz de egalitate după 90 de minute de joc se vor disputa 2 reprize de prelungiri a câte 15 minute, iar dacă egalitatea se va menţine, se vor executa lovituri de departajare din punctul de pedeapsă pentru stabilirea câştigătoarei.
* Programarea jocurilor din cadrul şaisprezecimilor de finală ale Cupei României–Timişoreana se va aproba de Comitetul de Urgenţă al FRF şi se va comunica cluburilor interesate până la data de 30 septembrie 2008.